十年前、世界は突如として現れた未知の感染症『CX ウイルス』によって変化を余儀なくされた。高い致死性と異常な感染力により各地で人々は倒れ、都市機能は急速に失われていった。 政府や医療機関は対応に追われ、通信網や生活インフラが次々と途絶(とだ)えたことを皮切りに、世界は僅(わず)かな時間で“文明”を失った。 街は放棄され、人の気配は何処(どこ)にもない。 荒れ果てた建造物、放置された車列、規則性を失い生い茂る植物たち。 今では、かつての文明を象徴する残骸が、静かに風に揺れるだけだ。 そして、2035年12月。 凍てつく冬を迎える中、PC1 ユキヤと PC2 ヒメカのふたりは、かつて日本の中心だった東京へと足を踏み入れた。

　気付けば6人は、見知らぬ教室の中にいた。 　何も、思い出せない。 　ここはどこなのか、どうやってここに来たのか。 　他の5人のことも、自分自身のことさえも。 　知らないこと、分からないことだらけ。 　不意に教室の扉が開き、1人の人間が入ってきた。 　"先生"を名乗るその人物は、高らかにこう宣言する。 「これから皆さんには、殺し合いをしていただきます！」

ある屋敷に招かれた縁もゆかりもない4人。 探偵　時任夕映（ときとうゆえ）が自らの見識を広めるために、定期的に開催しているパーティーに招かれたのである。 豪勢な食事に謝礼まで出ることから、このパーティーに招待されることは幸運だと、誰もが口をそろえて言う。しかし、今回のパーティーの招待客にとっては、はたしてそうだろうか？ というのも、4人が時任夕映と対話してから数時間後、彼女の死体が発見されたのである。

　名探偵と評される4人の元に、水牢館の主人・海堂崇継からとある催しへの招待状が届いた。 　その催しとは、全国から集められた選りすぐりの探偵達による推理大会だった。 　彼らに与えられたお題は、3年前に水牢館で起きた”未解決事件”の真相。解き明かした者には、莫大な報酬が約束された。 　そう、真っ先に真相に辿り着くのは誰かを競い合う。ただ、それだけのはずだった。 　その未解決事件と同じ状況で殺人が起こり、水牢館がその名の通り、水に囲まれた巨大な牢獄と化すまでは。

まことに小さな国が、革命期をむかえようとしている。 この物語の主人公は、あるいはこの時代の小さな日本ということになるのかもしれないが、ともかくにもわれわれは、あるひとつの殺人事件を追わねばならない。 時は幕末、慶永三年十一月十五日。 京の醤油商「大海屋（おおみや）」で事件は起こった。 動乱の影で大きな役割を果たしていた坂本という男が何者かに惨殺された。 誰が　なぜ　何のために いままさに”幕末最大のミステリー”の真相に迫る、推理劇の幕が上がろうとしている。 あなたは事件を解決し、歴史の証言者となることができるだろうか。

舞台は、今からおよそ100年前。 第１次世界大戦真っ只中のクリスマス。 長い長い戦争に疲れた兵士達が、 敵だと分かっていながらも 共に歌を歌い始める……… その日、彼らは確かにそこにいた。 実話に基づく切なくも儚い物語。

「この世界は生きづらい、だから変えよう。」 そう信じる8人の男女が、宿屋に集まった。 それぞれが国や体制、運命に傷を負いながら、 一つの“革命”という希望にすがっていた。 しかし、その翌朝、死体が見つかる。 閉ざされた宿屋、出入りできるのは彼らだけ。 仲間になるはずだった者たちの間に、 疑惑と裏切りの影が忍び寄る。 革命は始まるのか。 それとも終わるのか。

　19XX年、冬。 　A国海軍は、戦艦デルフィア号に新技術を搭載する計画を秘密裏に開始した。それはいわゆるステルス技術――強力な磁場で戦艦を包み込み、敵国レーダーからの捕捉を回避するというものだった。 　数年をかけ、研究は順調に進められた。しかし、実証実験の前日、事件は起こる。 　実験のため視察に来ていた海軍司令官の死体がデルフィア号で発見されたのだ。 　容疑者となったのは、船長・航海士・技師・医師・研究者の5人。 　犯人は誰なのか？ 　そして、翌日に予定されている実証実験の命運は――？

12月25日。冬休み前の最終登校日。生徒会メンバーは夜遅くまで学校に残って仕事を片付けていた。死体となった八雲生徒会長が発見されるまでは。

1990年 いつもと変わらない日常が覆る出来事が起きた。経験したことのない地震が人々を襲ったのだ。 同刻。震源地から少し離れた郊外の病院では地震により怪我した人の受け入れが決定されていた。医師たちは数え切れないほど運ばれる患者を治し続ける。命の危機が救われると同時に、数多の人間が地震によって亡くなった。 そんな中、終わりを迎えた命に対して異議を唱える者がいた。彼女は「夫は殺された」と言い続ける。 助け合いが生まれる災害で、人を殺すなんて有り得るのか？果たしてそれが本当なのか確かめるべく、医師三名と老婆の会合が始まるのだった。