2231년, 인류는 육체의 상당 부분을 기계로 대체할 수 있게 되었다. 팔을 잃으면 의수를, 심장을 잃으면 인공 장기를, 뇌의 일부를 잃으면 신경 칩을 이식한다. 그렇다면 몸의 모든 부위를 하나씩 교체한 뒤에도, 우리는 그 사람을 여전히 같은 사람이라고 부를 수 있을까? 이틀 전, 세계적인 인공지능 연구자 아담 레이너가 자신의 연구실에서 숨진 채 발견된다. 경찰은 즉시 수사에 착수하지만, 다음 날 한 의체가 경찰서를 찾아와 자신이 아담 레이너라고 주장한다. 그는 육체는 죽었지만 자신의 의식은 여전히 존재하며, 따라서 자신의 죽음을 둘러싼 수사는 필요 없다고 말한다. 결국 사건은 특수존재범죄수사국(SEID)으로 이관되고, 수사관 이브 서와 카인 진이 조사를 맡게 된다. 그러나 수사가 진행될수록 그들이 마주하는 것은 단순한 사망 사건이 아니었다. 육체와 의식, 기억과 자아. 인간을 인간답게 만드는 것은 과연 무엇인가. 그리고 아담 레이너를 죽인 사람은 누구인가.

엠마가 사라진 자리에 남겨진 네 사람. 모두가 저마다의 욕망으로 그녀를 탐했고, 저마다의 핑계로 그녀를 외면했으며, 저마다의 방식으로 그녀를 이용했다. 그녀가 사라진 그날, 대체 무슨 일이 있었던 것일까. 모두가 거짓말을 하고 있다.

여름날, 친구들은 우연히 들어선 비밀 서고에서 금기의 기록을 발견하게 된다. 그날을 기점으로 평범했던 일상은 서서히 균열을 일으키기 시작하고, 모두는 각자의 방식으로 숨겨진 진실을 쫓게 된다. 그리고 2년 뒤, 오랫동안 미뤄져 왔던 예정된 순간이 다가오고, 친구들은 저마다 다른 선택의 갈림길 앞에 서게 된다. 우정과 세계, 그리고 운명의 끝에서— 과연 그들은 어떤 결말에 도달하게 될 것인가.

크리스마스 이브, 화려한 장식으로 빛나던 스펜서 저택에는 겉보기와 달리 불안한 공기가 감돌고 있었다. 유언장을 둘러싼 이야기가 오가며 가족들은 날 선 말들을 주고받았고, 각자의 욕망과 계산을 숨긴 채 밤을 맞이한다. 그리고 다음 날 아침, 저택의 주인 엘리자베스 스펜서가 자신의 침실 앞에서 숨진 채 발견된다. 밤사이 쏟아진 폭설로 저택은 외부와 완전히 고립되었고, 안에 남아 있던 사람은 전날 밤 함께 머물렀던 가족들뿐이었다. 누구도 완벽한 알리바이를 증명하지 못하는 상황 속에서, 서로를 향한 의심은 점점 더 짙어져 간다. 어젯밤, 엘리자베스 스펜서를 죽인 사람은 누구였을까.

모두에게 사랑받던 학생회장 유진이 학생회실에서 죽은 채 발견된다. 현장에는 자살을 암시하는 유서가 남아 있었지만, 어딘가 석연치 않았다. 경찰을 부르기 직전, 이사장은 학생회 멤버들에게 한 시간만 시간을 달라고 부탁한다. 학교의 큰 기부자인 유진의 아버지에게 상황을 알리기 전에, 유진을 잘 아는 학생회가 자살이 맞는지 먼저 확인해 주길 바랐기 때문이다. 남은 시간은 단 한 시간. 학생회 멤버들은 단서를 모아, 유진의 죽음 뒤에 숨겨진 진실을 밝혀내야 한다.

〈초우행〉 — 버려진 절에 비 내리던 날 폭우가 쏟아지던 저녁, 사람의 발길이 끊긴 절 안에서 하급 무관이 기둥에 묶인 채 등을 찔려 숨을 거두었다. 현장에 남아 있던 이는 단 세 명— 도적, 아내, 그리고 나무꾼. 모두가 서로를 범인이라 지목하지만, 정작 자신의 비밀만큼은 끝내 입 밖에 내지 않는다. 사또와 이방으로 부임한 뒤, 처음으로 사건을 맡게 된 두 형제. 엇갈린 증언과 교묘히 숨겨진 진실 속에서, 두 사람은 과연 이 사건의 진상을 밝혀낼 수 있을까.

새해의 설렘을 가득 실은 채 동해를 향해 달리던 야간 기차. 그러나 오후 10시, 선로를 덮친 전봇대와 충돌하는 순간 모든 것이 뒤틀렸다. 일대는 순식간에 칠흑 같은 어둠에 잠겼고, 그 어둠을 찢듯 날카로운 비명이 터져 나왔다. “사람이… 사람이 죽었어요!” 자판기 아래, 목이 기괴한 각도로 꺾인 채 숨이 끊어진 한 남자. 휴가 중이던 형사 류민석은 시신을 훑어본 순간 직감한다. 이것은 단순한 사고가 아니라—누군가 치밀하게 설계한 살인이라는 것을. “이건 사고가 아닙니다. 살인자는 아직, 이 안에 있어요.” 외부와 완전히 단절된 어둠 속 기차라는 밀실. 각자의 비밀을 품은 다섯 명의 남녀는 3호실에 모여 서로를 의심하며 진실을 좇기 시작한다. 새해를 향해 달리던 이 기차는 과연, 어둠을 가르고 빛으로 나아갈 수 있을까?