氷塊がまばらに浮かぶ海、北極海。 両極調査団アルファ隊を乗せた調査船が、その真ん中で静かに浮かんでいた。 両極調査団。そのメンバーは、ほとんどが超能力者で構成されている。 目的は、「超能力者は何故生まれるのか」を解き明かすこと。 南極や北極に落ちた「特殊な隕石」が、この謎の鍵を握っていると判明してから、あなた達はそれの採取に励む毎日だった。 だが、今日。メンバーのひとりであるトルクスが、磔（はりつけ）となって死亡しているのが見つかった。

宇宙ステーションの修理中に起きた事故で、宇宙飛行士は宇宙空間へ投げ出される。漂流の末にたどり着いたのは、乗組員不在の一隻の幽霊船だった。 船のシステム AI「ノスタルジア」は記憶のほとんどを失っており、航路の記録も残っていない。 故郷へ帰る手がかりは、この船の中にしかない。