江戸・深川の町に、五日間も鳴り止まない異常な大雨が降り続いていた。瓦版屋『妖絵巻』の元締め・玄が売り上げの激減を嘆く中、半妖の用心棒・琥珀が雨音の向こうから「か細い泣き声」を察知する。 路地裏へ飛び出した4人が見つけたのは、雲の上からはぐれて落ちてきてしまった、小さな龍神の子供だった。

幼い渚が迷い子になって泣いていた時、出会った妖の影時(かげとき)。　 それから影時は冷たい態度をとりながらも、渚のそばで見守り、慈しみ、成長を見届けていた。 しかし、渚が二十歳になった時。 影時の姿がだんだんと薄れていく。

滅亡へと向かう世界。運良く地下シェルターへの避難を許されたノアとレイは、共に生き延びるはずだった。 長いコールドスリープから目覚めたノアは、自分自身の名前すら忘れるほどの記憶喪失に陥っていた。戸惑う彼女を迎えたのは、無機質な声で語りかける施設の管理AI。 自らを「記録係」と名乗るそのAIは、ノアの記憶を修復するため、かつて彼女が恋人と録音していた『音声日記』を一つずつ再生し始める。

舞台は洋上の豪華客船。伝説の宝石「ブルー・サファイア」が出品されるオークション会場に、キザな泥棒・怪盗ルージュから予告状が届く。 警備のために駆けつけた空回り気味の山田警部が警戒する中、現場にはなぜか「船ごと買収した」と豪語する規格外のお嬢様・西園寺麗華と、万能すぎる執事・橘の姿があった。

「何があっても、二人で乗り越えていこう」 そう誓い合ったあの日々は、永遠に続くはずだった。 ――しかし、世界は唐突に崩壊する。 人間が理性を失い、凶暴なモンスターへと変異してしまう未知のウイルスの『MONSTER』のパンデミック。 降りしきる冷たい雨。暗く険しい山道。遠くから聞こえるバケモノたちの唸り声。 これは、極限状態の中で「守るべきもの」のためにそれぞれが本気で足掻く、若き夫婦の物語。 星の降る夜、二人が辿り着く結末とは――。

廃棄された機械の山に囲まれた、孤独なエンジニアのルーカス。彼はある日、スクラップの中から「E-MA Unit」と刻まれた謎のプレートを発見する。 それは、かつて存在した高度な自律型アンドロイド「エデン」の記憶と中枢を司る部品だった。 ルーカスは、散らばった部品を寄せ集め、失われた「エデン」を蘇らせるために修復を試みる。 窓の外の美しい夕暮れと、そこに輝く一番星が、彼の孤独な戦いと新しい希望の物語を見守っていた。

婚約者の死後、夜な夜なスラムを徘徊するようになったアーサー。 ある「真実」が露見した時、アーサーは完全に闇に囚われ、最初の凶行へと手を染める。後の世に『ジャック・ザ・リッパー』と呼ばれる男が産声をあげるまでの悲劇と狂気の物語。

やっほー♪ ボクは高貴でキュートな案内人、ラピだよ！ 今回のお客様は、自分の名前以外の記憶をぜーんぶ忘れちゃった、5人の可哀想な迷子さんたち♪ 彼らにはこれから、とーっても楽しいゲームに参加してもらいます！ さぁ、自分自身を裁くラビット裁判、開幕でーす♪ぴょーん♪

別々の高校に通う、普通の高校生5人。 彼らの『裏の顔』は1年前、池袋を震撼させた【未解決誘拐事件】の実行犯たちだった。しかし、金の隠し場所を知るリーダーが、事件直後に謎の投身自殺を遂げる。 「操り人形(パペット)の糸を引いているのは、一体誰だ？」

江戸の暗部で幕府の道具として生きる四人の隠密、春、夏、秋、冬。彼らは幼い頃、雨の中で行き倒れていたところをある男に拾われ、四季の名前を与えられた孤児たちだった。 血の繋がりを超えた強い絆で結ばれた彼らに、ある日、非情な命令が下される。それは、彼らの恩人であり育ての親でもある恩師を暗殺せよというものだった。